A la suite des accords de Münich en 1938, tandis que la population française croyait la guerre écartée, le gouvernement de l'Etat-Major français, conscient du risque imminent, préparèrent activement le potentiel offensif et défensif du pays. Ainsi, dès 1939, des abris antiaériens furent aménagés dans les carrières souterraines : place Denfert-Rochereau, Val-de-Grâce, école rue des Feuillantines, sous le Sénat, Palais de Chaillot,...
Ces efforts de guerre ont été vains puisque la France devait capituler en juin 1940, avant d'être occupée. Les Allemands ne s'intéressèrent pas tout de suite aux carrières. Ce n'est qu'à partir de 1943, à la suite de la défaite de Stalingrad, que les Allemands utilisèrent ces lieux souterrains. L'Etat-Major de la Luftwaffe s'étant installé au Palais du Luxembourg, les Allemands avaient réaffecté à leur usage l'abri des sénateurs.
Ils créèrent un grand complexe souterrain en reliant le Sénat aux petits abris des carrières de l'Ecole de Pharmacie et du Lycée Montaigne. A cet effet ils utilisèrent les galeries de service sous les rues de Vaugirard, Madame et Assas ; ils firent d'énormes travaux en vidant la terre entre les piliers de confortation du lycée et retaillèrent même par endroit la masse calcaire. Il en résulte un étonnant dédale au sol cimenté et murs de briques. Cet endroit, aujourd'hui surnommé le "bunker allemand", conserve des inscriptions d'origine : ruhe (silence) ; rauchen verboten (interdit de fumer) ; notausgang (sortie de secours) ; ainsi qu'un triple flèchage multicolore indiquant 3 sortie (vers l'escalier Bonaparte, la rue Saint-Michel, la cour intérieur de l'actuel Lycée Montaigne).
La résistance passive du Colonel Rol Tanguy réutilisa l'abri anti-aérien de Denfert Rochereau construit en 38 ; il y installa son PC le 21 août 1944 pour organiser la libération de Paris. Actuellement, cet abri est isolé du réseau et sert de laboratoire d'essai des matériaux de la Ville de Paris qui y trouve des conditions de température stable (12°C).
L'abri des Feuillantines ou "abri Laval" fut, comme son nom l'indique, aménagé avec un confort exprème pour abriter les hauts responsables du gouvernement de collaboration de Laval. Jamais utilisé, il ne fut visité que quelques heures par la femme de Laval, peu avant la libération de Paris. Il servit un temps de prison pour les collaborateurs et les anciens de la milice.
Mais d'autres abris furent installés dans les anciennes carrières pour la population civile : abri du 117 rue N.-D. des Champs - abri Faco-, du Val de Grâce, de l'hôpital Cochin, de Sainte-Anne, de Pte d'Ivry, du 68 rue Lhomond,...
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Le Bunker allemand et l'abri de pharmacie

L'abri des Feuillantines dit "abri Laval"

L'abri Faco (117 rue N.-D. des Champs)

L'abri de Montparnasse

L'abri Sainte-Anne

L'abri Cochin